失われた体と心をと取り戻すために、今こそ運命に挑め。
映像化不可能といわれた手塚治虫の幻の傑作「どろろ」が、発表から40年のときを経て、今、よみがえる！戦国の世を憂いた武将が戦乱の世を治める力を得るため魔物に自分の子の体48箇所を48体の魔物に差し出したことで生まれた百鬼丸は、医師・寿海に仮の体と護身のための妖刀を与えられ、見事な成長を遂げる。やがて、魔物を倒すごとに奪われた体の一部を取り戻せることを知った百鬼丸は、魔物退治の旅に出る。ひょんなことで百鬼丸の存在を知ったコソ泥どろろは、妖刀を奪うため、その旅を追いかけ始める。こうして始まった2人の旅の先に、大きな闇が広がる…。