舞台は「ゼブラーマン」こと市川新市（哀川翔）が地球を守った前作から15年後。東京二十三区は「ゼブラシティ」と改名され、朝夕とも5時から5分間は警察官など権力を持った人間は何をしても許される「ゼブラタイム」が導入されていた!? さらに、ゼブラーマンは遠心分離機にかけられ、なんと「白ゼブラ」と「黒ゼブラ」に分けられていたのだ…！
