1）生頼範義イラストレーションカードセット（4種）
2）ストーリーボード集（イメージボード付き）
3）樋口監督の台本レプリカ

1）草なぎ　剛＆樋口監督による音声解説
2）樋口監督と特撮スタッフによる音声解説
3）樋口真嗣監督監修チャプター

●特典ディスク1
1）メイキング・オブ・日本沈没
2）TVスポット、予告篇集
3）舞台挨拶映像集
4）未公開シーン集（24シーン）
※「もう１つのエンディング」「♪会津磐梯山」ほか、必見の未公開シーン集
5）フォトアルバム（静止画）

●特典ディスク2
1）VFX特集
2）VFXメイキング
3）ュース＆モニター映像集
4）Digital Intermediate(D.I.)の解説（ビフォーアフター）
　※D.I.とは、情報量を減少させることなくフィルムをデジタルデータ化し、
　　最高画質のまま35mmフィルムに再変換するシステム。
　　ここでは、撮影直後のフィルムとD.I.で変換した後の完成映像を画面比較。
5）地震に関する科学考証
6）メカニックファイル（解説付き）
7）1973年度版「日本沈没」オマージュ映像比較
8）映画公開直前対談　小松左京VS樋口真嗣
　（収録：'06年7月9日 第45回日本SF大会にて）

本篇のほか、2種の音声解説、3時間を超える特典映像をDVD3枚に収録、さらに樋口監督の撮影台本を忠実に再現したレプリカ等、オリジナル・アイテムを封入したファン垂涎の初回限定豪華スペシャル・コレクターズ・エディション！

＜ストーリー＞
日本海溝直下の大規模な地殻変動により、日本列島のほとんどが海中に沈没するという驚愕の事態が予測された。それを裏打ちするかのように、各地の火山が噴火、M（マグニチュード）8以上の大地震が次々と発生。Xデーが避けられないと悟った政府は、諸外国に避難する国民の受け入れを要請する。東京、大阪、横浜、神戸、函館から出航する国外脱出を急ぐ人々を乗せた大型船を、地震によって発生した巨大津波が襲う。1億2千万人の日本人は、どこへ逃れるのか？どこへ向かうというのか？日本全土が極限状態のなか、人々は何を守り、何を救おうとするのか…。

＜キャスト＞
草なぎ剛、柴咲コウ、及川光博、福田麻由子、吉田日出子、柄本 明、國村 隼、石坂浩二（特別出演）、豊川悦司、大地真央

＜原作＞
小松左京「日本沈没」（小学館刊)

＜スタッフ＞
監督／樋口真嗣
脚本／加藤正人
音楽／岩代太郎

＜主題歌＞
「Keep Holding U」SunMin thanX Kubota（ビクターエンタテインメント）