戦いが終わったら母になりたい。 非核大戦を生き抜いた女兵士デュナンは理想郷と呼ばれる「オリュンポス」に連行される。その人口の半分は、ヒト社会の安定を目的として造られたクローン人間＜バイオロイド＞だという。考えられない程の平穏な世界に驚愕する中、デュナンは身体のほとんどを機械化されたかつての恋人プリアレオスに出会う。「APPLESEED」とは――「オリュンポスの真実」とは――？
