ティガの活躍で地球に平和が訪れてから7年後、人類は未知の世界に挑むネオフロンティア時代を迎えていた。ところが、火星開拓基地に謎の球体（スフィア）が攻撃を仕掛けてきた。スーパー GUTSは直ちに出動し、球体が変身した怪獣に挑むが苦戦を強いられる。その時、アスカ隊員の体が眩い光に包まれ、新たな光の巨人が出現した！
