宇宙忍者バルタン星人、どくろ怪獣レッドキング、青色発泡怪獣アボラス他、人気怪獣＆宇宙人総出演！時は21世紀、地球各所で怪獣が目覚め暴れ始めた。未知なる脅威に備えて設立された科学警備隊に配属されたヒカリ超一郎は、宇宙ステーションから極東ゾーン基地に向かう途中、U40から来たウルトラマン・ジョーニアスに遭遇する。ウルトラマンと一心同体となったヒカリは、地球に迫る数多の脅威に敢然と戦いを挑む。
